Гербарий — основа для проведения мониторинговых исследований растительности того или иного региона. Изучение флоры Ярославской области и ряда сопредельных регионов России вот уже 100 лет проводится с использованием Гербарного фонда Ярославского государственного педагогического университета имени К. Д. Ушинского, который имеет свою историю и заслуженное признание. Годом основания Гербария считается 1924, а работы по коллекционированию были начаты под руководством Николая Ивановича Шаханина. Гербарий формировался в ходе обширных флористических экспедиций, а также в результате пополнений из других коллекций, в том числе в ходе обмена. В 1975 г. Гербарий был зарегистрирован в справочнике «Гербарии Советского Союза». С 1993 г. и по настоящее время заведующей Гербарным фондом является Зоя Степановна Секацкая.
На современном этапе в составе гербарной коллекции хранятся образцы, расположенные по отделам — Исторический, Географический, Систематический, — а также по тематическим коллекциям. С 2012 г. начаты работы по оцифровке гербарных образцов. Вначале они проводились студентами в рамках выполнения курсовых и выпускных квалификационных работ с помощью зеркальных фотокамер с дальнейшей обработкой полученных изображений в специальных компьютерных программах. В настоящее время оцифровка осуществляется на профессиональном оборудовании.